ゴミ屋敷条例に基づいて行われる行政代執行は、行政が持ち得る権限の中でも非常に強力なものであり、個人の私有財産を強制的に処分するという重い意味を持っている。そのため、条例が制定されているからといって、すぐさま行政が乗り込んでゴミを運び出すようなことは決してない。そこには、適正な手続きを通じた極めて慎重なプロセスが存在する。第一段階として行われるのは、住民からの苦情や行政によるパトロールを端緒とした実態調査である。職員が現地を訪れ、敷地外に溢れ出ているゴミの量や種類、害虫の発生状況、周囲への悪影響を詳細に記録する。この際、最も重要視されるのが所有者本人との対話である。なぜこのような状態になってしまったのか、本人に片付ける意思があるのか、あるいは心身の健康状態に問題がないかを確認する。多くのゴミ屋敷条例では、この段階での助言や指導に重点を置いており、本人が自発的に改善できるよう支援の窓口を紹介することもある。しかし、度重なる指導にもかかわらず状況が改善されず、周囲の生活環境に著しい支障をきたしていると判断された場合、行政は勧告という次のステップに移行する。勧告は、いつまでに何をすべきかを明確に示す文書による通知であり、これに従わない場合には公表などの社会的制裁が加えられることもある。さらに事態が深刻で緊急を要する場合、ようやく命令が出されることになる。代執行の実施にあたっては、事前にその日時や内容が通知され、当日は多くの職員や作業員が投入されて堆積物の撤去が行われる。撤去にかかった多額の費用は、すべて所有者に請求されることになるが、現実的には支払い能力がないケースも多く、その回収が課題となっている自治体も少なくない。また、代執行が完了したからといってすべてが終わるわけではない。再びゴミを溜め込まないよう、継続的な訪問活動や福祉的なサポートを組み合わせていくことが、条例を形骸化させないための鍵となる。
行政代執行に至るまでのゴミ屋敷条例の運用