ゴミ屋敷における害虫被害と言えば、ゴキブリやハエといった視覚的に目立つものが注目されがちですが、実は目に見えないほど微小な害虫や微生物がもたらす脅威こそが、公衆衛生上は最も危険な側面を持っています。特に、多湿で通気の悪いゴミ屋敷の深部では、ダニやノミ、チャタテムシといった微小害虫が爆発的に繁殖します。これらは、単に皮膚を刺して痒みをもたらすだけでなく、深刻な感染症を媒介する運び屋となります。例えば、ゴミ屋敷に侵入するネズミに寄生しているイエダニやノミは、ネズミが死んだ後に新たな宿主を求めて人間に移動し、発疹チフスやペストといった歴史的な猛威を振るった病原菌を運ぶリスクを孕んでいます。現代日本においてこれらの病気が蔓延する可能性は低いとはいえ、レプトスピラ症などは依然として現実的な脅威です。また、微小害虫の死骸や糞は、空気中の細かな粒子と結びつき、住人の肺の深部まで入り込みます。これにより、過敏性肺炎などの深刻なアレルギー性肺疾患が引き起こされます。さらに、ゴミ屋敷内の腐敗した有機物からは、さまざまな真菌（カビ）の胞子が飛散しており、害虫が移動することでこれらの胞子を家中のあらゆる場所へ付着させます。免疫力が低下した住人がこれを吸い込むと、肺アスペルギルス症などの日和見感染症を引き起こし、治療が困難な事態に陥ることがあります。また、ゴミ屋敷のトイレやキッチン周りでは、水場を好むチョウバエが発生しますが、これらは下水や汚物から細菌を運び、食品を汚染するだけでなく、極めて稀ではありますが、幼虫が人間の体内に侵入して引き起こされる「ハエ症（ハエ蛆症）」の原因にもなり得ます。このように、ゴミ屋敷はまさに病原体の培養プラントと化しており、害虫はそのプラントの運搬車両として機能しているのです。清掃業者が完全防備で現場に臨むのは、単に汚れを防ぐためではなく、これら目に見えない「生物学的脅威」から身を守るためです。